När grundämnet syre, O, blandas med grundämnet väte, H, bildas ett ämne som kallas för knallgas. Om blandningen tillförs värme av något slag, till exempel från en gnista, sker en reaktion där vätet binds till syret. Tillsammans bildar de det vi kallar vatten. Allt vatten på jorden har skapats på det här sättet även om den största mängden troligtvis kom till i rymden långt före att vår planet tog form. Vattendragen på den unga jorden kallas populärt för ursoppan då de förutom vatten innehöll en mängd olika ämnen vilka medförde goda förutsättningar för fler kemiska reaktioner.
I soppan fanns det gott om så att säga ofärdiga molekyler. Vetenskapligt kallar man dessa för funktionella grupper. Då de är ofärdiga, med fria radikaler, är de reaktiva och sammanfogas gärna med andra enskilda atomer eller grupper.
En ofullständig vattenmolekyl (en syreatom och en väteatom) kallas för en hydroxylgrupp. En metylgrupp med sin kol och tre väteatomer kan liknas vid en ofärdig metanmolekyl. En kol- och en syreatom bildar en karbonylgrupp vilket också har fått benämningen keton. Observera att dessa har två fria radikaler. Med en väteatom till ena radikalen kallas karbonylen för aldehyd. Keton tillsammans med en hydroxylgrupp bildar en karboxylgrupp.
Kolväten där en väteatom ersatts av en hydroxylgrupp kallas för alkoholer. Kolvätet metans motsvarighet kallas metanol och etanets motsvarighet kallas etanol, vilket är det ämne vi blir berusade av i spritdrycker.
En annan typ av molekyler är kolhydrater, det vi också kallar för socker. Kolhydrater kan vara tämligen komplexa men består alla åtminstone av antingen en keton eller aldehydgrupp samt två alkoholer. Enklast av alla är trioserna vilka är uppbyggda kring endast tre kolatomer.
De ovan nämnda molekylerna är alla uppbyggda av endast
tre grundämnen, kol, syre och väte. Men i ursoppan fanns det gott om andra. Näst på tur i den här redogörelsen är det ämne som den luft vi andas till största delen består av, nämligen kväve. I det andra och yttersta elektronskalet har kväve fem elektroner och således tre bindningar. En kväveatom bunden med tre väteatomer kallas för ammoniak. Saknas en av vätemolekylerna i en sådan kallas den för en aminogrupp. En aminogrupp tillsammans med en metylgrupp (en ofullständig metanmolekyl) kallas för metylamin. En aminogrupp som sammanbinds med en karboxylgrupp via en kolatom kallas för aminosyra. Beroende på vad mer som fäst vid kolatomen får dessa olika egenskaper och namn. Enklast är glycin. En av aminosyrornas egenskaper är att de antingen gillar,
attraheras till vatten, är hydrofila eller ogillar vatten, är hydrofoba. Aminosyror har också en förmåga att bindas till varandra genom så kallade peptidbindningar. Detta sker genom en reaktion av den ena aminosyrans karboxylgrupp med den andres aminogrupp. Som en restprodukt bildas vatten.
Sammanbundna aminosyror kallas för peptider. Dipeptid om det är två aminosyror. Tripeptid och de är tre och polypeptider om de är fler. Riktigt långa kedjor med över femtio aminosyror kallas dock för protein.
Som avslutning på det här avsnittet tänkte jag ta upp en viktig egenskap för det här projektets fortsättning. Som ni just läst skulle bildandet av aminosyror genom tämligen slumpmässiga reaktioner inte vara helt omöjligt i en ursoppa med gott om olika ämnen. Att forskare även funnit aminosyror i rymden tyder på att processen troligtvis skett på fler än ett ställe i universum.
Bildandet av peptider är inte heller något konstigt. Men allt eftersom dessa växte bröts de också sönder i sina svagare länkar. På sikt medförde detta att de starkaste molekylstrukturerna med tiden blev allt vanligare medan de svagare bröts sönder och istället blev byggstenar till andra.
